Идея создания института возникла в 1999 г. В структуре университета уже существовали экологический, медицинский факультеты и факультет физической культуры и реабилитации. С учреждением в составе УлГУ Института медицины, экологии и физической культуры состоялось становление уникального структурного объединения ученых — биологов, экологов, медиков, психологов, физиологов, специалистов в области адаптивной физической культуры и физической культуры — «Института здоровья». 

В институте есть  виварий, естественно-научный и анатомический музей. C декабря 2012 года работает  Симуляционный центр медицинского моделирования.

Институт располагает хорошим кадровым потенциалом. В настоящее время коллектив Института обеспечивает комплексность подхода к обучению студентов и разработке проблемы улучшения качества жизни современного человека, всесторонне решая вопросы образования, состояния здоровья, лечения и профилактики заболеваний, охраны окружающей среды и рационального природопользования, обоснования перспективных сберегающих и укрепляющих здоровье человека технологий.

Для создания эффективной системы подготовки специалистов в институте были приняты и реализуются в настоящее время следующие основные  направления деятельности:

1)     соответствие  базовой  подготовки  студентов  принципам  университетского образования;

2)     максимальная ориентация на потребность региона;

3)     широкое использование информационных технологий;

4)     формирование системы профессиональной ориентации абитуриентов (университетских комплексов и округов);

5)     активное привлечение студентов к научной работе;

6)     создание научных школ и проведение комплексных научных разработок проблем здоровья человека и окружающей среды.

В ИМЭиФК получила развитие интеграция среднего, специального среднего и высшего образования. Институт давно и плодотворно работает с профильными классами медико-биологической направленности. Такая форма взаимодействия с районами области способствует тесной, плодотворной работе с будущими студентами, помогает найти своего студента. Особо результативным оказалось присоединение базового медицинского колледжа к УлГУ, что позволило улучшить возможность качественной профессиональной ориентации. Уникальность структуры ИМЭиФК, имеющей в своем составе медицинский колледж, расширяет возможности последующего обучения студентов колледжа не только на медицинском, но и на факультете физической культуры и реабилитации. Такое сочетание образования значительно повышает качество специалиста по адаптивной физической культуре и сокращает сроки получения высшего образования. Единая учебно-методическая комиссия Института дает возможность повысить качество, унифицировать и структурировать программы обучения, написание учебных, методических пособий согласно общей идеологии Института, в частности, через региональный компонент и элективы.